一般空調廠房是對溫、濕度、風速、空氣成份等要進行控制; 潔凈車間除空調廠房參數以外重點要控制空氣中的粒子濃度，保持潔凈度。
2:過濾手段不同
一般空調廠房采用粗、中效過濾和熱濕交換設備;潔凈車間除采用空調廠房手段外還要進行高效超高效過濾器過濾，對空氣中活的粒子還要滅菌、消毒，保證潔凈車間空氣清潔。
3:送風量不同
一般空調廠房降溫8-10次/H換氣，恒溫房間10-15次/H換氣;單向流潔凈車間400-600次/H換氣，非單向流潔凈車間15-60次/H換氣，送風量比一般的廠房要大很多。
4:車間內壓力不同
一般空調廠房內應有正壓，但不是重要的指標;而潔凈車間內必須有正壓，防止外部灰塵滲入，內部污染物逸出影響產品質量，出于安全維持負壓，做到三個方面保護，保障潔凈車間正常運行。
5:維護管理不同
一般空調廠房定期檢測溫度、濕度就可以了;潔凈車間除溫、濕度監測以外還要定期檢測潔凈度，檢測要求嚴格。
6:能量消耗不同
一般空調廠房制冷量是100~200W/m2，耗電量50~100W/m2;潔凈車間的制冷量達到400~1200W/m2，耗電量150~1500W/m2，比一般空調廠房高出非常多。
7:人物進出的控制不同
一般空調廠房對人物進出沒有特別控制手段;而進出潔凈車間，工作人員進入要經過換鞋、更衣、吹淋有時還要淋浴，貨物進入要擦試，吹淋等，且潔凈車間是人流、物流分開、做到潔污分流，防污染。
