潔凈工程科技含量高、全面性強，須由技術專業的凈化企業技術專業作業。在作業時，須主要留意以下多個領域。
生態環保與節能環保：生態環保、節能環保都是國家戰略布局。執行潔凈工程，工程材料在運送、存儲和作業過中，禁止環境污染，廢棄物單獨處理，根據生態環保噪聲保準日夜要求的不同，合理協調安排潔凈車間作業分項的作業時間，采取節約用電、用水措施。
品質保護：嚴格按照潔凈工程施工圖及相關規范作業，對于進場材料按規定進行抽查，測試，合格后方可使用。對于關鍵部位宜進行樣板制作業，待業主和監理工程師認可后大規模作業。
對于特殊制作工序，必須制定特殊工序規定，潔凈車間施工人員應熟練掌握特殊工序的規定。應及時填寫作業檢查記錄和作業驗收記錄以及其他應予填報的記錄，做到文件與工程同步。
安全保證：執行潔凈工程時，應有安全保證的應急救援預案，所有施工人員應有安全培訓，并在重要位置做好安全標識，加強施工現場的防火工作，嚴格執行防火安全規定，責任到人，杜絕現場動用非生產性明火。
成品保護：建造潔凈工程時，設備材料應有防雨雪、防曬的措施，避免設備材料銹腐老化，對于空氣過濾器等重要器材與設備，應設置專門區域保管，統一全場成品保護和警示標識。
特殊氣象條件作業：設有臨時加溫設備，確保冬季潔凈車間作業的要求。可能有零度以下環境溫度時，應有作業用水管道的保溫防凍措施。另外，潔凈工程時，作業區域內應做好防雨措施，沙塵暴期間應關閉通向外界的所有孔口，停止系統的運行、調試。
