1、主要參數控制
一般空調系統側重溫度、濕度、空氣新鮮度的控制，而潔凈空調系統除此之外還要求控制室內空氣的含塵量、風速、換氣次數等。
2、空氣過濾措施
一般空調只有粗效過濾、一級過濾，要求較高的有粗效、中效二級過濾，而潔凈空調系統要在有些潔凈室中，還設有濾毒吸附過濾。
3、室內壓力要求
一般空調對室內空氣無特殊要求，而潔凈空調系統為避免外界污染空氣的滲入或不同生產車間不同物質的相互影響，對不同潔凈區的正壓值均有不同的要求，在負壓潔凈室內尚有負壓值的控制要求。
4、潔凈空調系統材料和設備的選擇要求
潔凈空調系統材料和設備的選擇、加工工藝、加工安裝環境、設備部件儲存環境，為避免被外界污染，均有特殊的要求，為也是一般空調系統所沒有的。
5、對系統氣密性的要求
一般空調系統對系統氣密性、滲氣量雖有要求，但潔凈空調系統的要求更高，其檢測手段、各工序的標準均有嚴格措施及測試要求。
6、對建筑和其它專業的要求
一般空調房間對建筑布局、熱工等方面有要求，但對選材及氣密性要求不是很注重，而潔凈空調對建筑質量的評價，除一般建筑的外觀等要求外，還對防塵、防起塵、防滲漏有嚴格要求。
